Komprese JPEG, definovaná ISO normou z roku 1990, byla vyvinuta za účelem úsporného uložení fotografických obrazových dat. Komprese využívá nedokonalosti lidského zraku a ukládá data s určitou ztrátou informace, díky čemuž dosahuje daleko lepších výsledků než neztrátové komprese. Lidský zrak například vnímá intenzivněji velké změny v obraze než jemné detaily, nebo je daleko citlivější na změnu jasu než barvy. Toho se využívá ke zmenšení objemu barevných informací přepočítáním barevných složek na menší rozlišení (podvzorkování). Míra zachování detailů je volitelná a nastavuje se koeficientem kvality v rozsahu 1 – 100. Vyšší hodnoty znamenají menší zkreslení a větší výsledný soubor, menší hodnoty se projeví menším objemem dat za cenu větší ztráty kvality. Parametry JPEG komprese ovlivňují pouze kvalitu obrazu a velikost souboru, velikost původního obrázku (počet obrazových bodů) zůstává nezměněn.
Volba vhodného koeficientu je vždy otázkou určení konkrétního obrázku. Pokud je cílem maximální úspora místa používají se hodnoty 30 – 60, pro běžné účely, uložení obrázku na internet nebo zaslání e-mailem se doporučuje používat hodnoty 70 – 80, pro potřeby DTP se používají hodnoty 80 – 100. Se stoupající hodnotou se zvětšuje míra detailů uložených v obrázku, tato závislost však není lineární – při hodnotách nad 90 je zlepšení již téměř neznatelné oproti citelnému přírůstku dat.
Zaokrouhlovací chyby při výpočtech a případné podvzorkování barev způsobují, že výsledný obraz je postižen mírnými změnami i při použití hodnoty 100. Proto je JPEG komprese naprosto nevhodná v případech, kde je požadavkem zcela přesná grafika (perokresby, čárová grafika), ale pro fotografie je nenahraditelná, protože změny v obraze nejsou při vhodném nastavení viditelné. Skupina JPEG vytvořila též ISO standard pro bezztrátovou JPEG kompresi, ale tento standard se nepoužívá. V dnešní době je možné jej považovat za zastaralý, neboť relativně nový standard PNG bezztrátový JPEG většinou překonává.
Pro eliminování zbytečné ztráty kvality při opakovaném ukládání z Editoru je vhodné používat vyšší hodnoty parametru výchozí JPEG komprese 90 – 95, který se nastavuje v Nastavení programu, sekce Všeobecné nebo přímo v dialogu s nastavením formátu. Další možností je používat při zpracování formát s neztrátovou kompresí např. PNG nebo TIFF. Nevýhodou formátu PNG je, že nepodporuje vkládání informací EXIF.