Kompresia JPEG, definovaná ISO normou z roku 1990, bola vyvinutá za účelom úsporného uloženia fotografických obrazových dát. Kompresia využíva nedokonalosť ľudského zraku a ukladá dáta s určitou stratou informácie, vďaka čomu dosahuje oveľa lepšie výsledky ako nestratové kompresie. Ľudský zrak napríklad vníma intenzívnejšie veľké zmeny v obraze, ako jemné detaily, ale je oveľa citlivejší na zmenu jasu ako farby. Toto sa využíva pre zmenšenie objemu farebných informácií prepočítaním farebných zložiek na menšie rozlíšenie (podvzorkovanie). Miera zachovania detailov je voliteľná a nastavuje sa koeficientom kvality v rozsahu 1-100. Vyššie hodnoty znamenajú menšie skreslenie a väčší výsledný súbor, menšie hodnoty sa prejavia menším objemom dát, za cenu väčšej straty kvality. Parametre JPEG kompresia ovplyvňujú iba kvalitu obrazu a veľkosť súboru, veľkosť pôvodného obrázka (počet obrazových bodov) zostáva nezmenený.
Výber vhodného koeficientu je vždy otázkou určenia konkrétneho obrázka. Ak je cieľom maximálna úspora miesta, používajú sa hodnoty 30-60, pre bežné účely ako uloženie obrázka na internet, alebo zaslanie e-mailom sa odporúča používať hodnoty 70-80 a pre potreby DTP sa používajú hodnoty 80-100. So stúpajúcou hodnotou sa zväčšuje miera detailov uložených v obrázku, táto závislosť však nie je lineárna – pri hodnotách nad 90 je zlepšenie už takmer neznateľné oproti podstatnému prírastku dát.
Zaokrúhľovanie chyby pri výpočtoch a prípadné podvzorkovania farieb spôsobujú, že výsledný obraz je postihnutý miernymi zmenami aj pri použití hodnoty 100. Preto je JPEG kompresia absolútne nevhodná v prípadoch, kde je požiadavkou úplne presná grafika (perokresby, čiarová grafika), ale pre fotografie je nenahraditeľná, pretože zmeny v obraze nie sú pri vhodnom nastavení viditeľné. Skupina JPEG vytvorila aj ISO štandard pre bezstratovú JPEG kompresiu, ale tento štandard sa nepoužíva. V dnešnej dobe je možné ho považovať za zastaraný, keďže relatívne nový štandard PNG bezstratový JPEG väčšinou prekonáva.
Pre eliminovanie zbytočnej straty kvality pri opakovanom ukladaní z Editora je vhodné používať vyššie hodnoty parametra predvolenej JPEG kompresie 90-95, ktorý sa nastavuje v Nastavenie programu, sekcia Všeobecné , alebo priamo v dialógu s nastavením formátu. Ďalšou možnosťou je používať pri spracovaní formát s bezstratovou kompresiou, napr. PNG alebo TIFF. Nevýhodou formátu PNG je, že nepodporuje vkladanie informácií EXIF.